プロジェクトを一旦きれいにするコマンドである「flutter clean」ですが、
Flutterのバージョン2.0以降で、ニョロニョロのない(エラーのない)プロジェクトで行うと、なんとニョロニョロ出まくり!という感じになってしまうという、ちょっとしたトラップ的な事象が発生する可能性が高いです。
ですので、その場合は、
1)「`Pub get’ has not been run」の表示が出る場合は、その指示に従って「Get dependencies」して頂いて、
2)出ない場合は、pubspec.yamlファイルから「pub get」してもらうと解消します。
(詳しくは、以下の動画で解説していますので、よろしければご覧下さい)